Dans le domaine de la surveillance, le laboratoire de Lyon :

• co-anime, avec le laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort, le Résapath, réseau d’épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes d’origine animale ;
• anime un consortium visant à mettre en place un réseau de surveillance européen de l’antibiorésistance en médecine vétérinaire (EARS-Vet) ;
• anime le réseau Vigimyc, réseau d’épidémiosurveillance des mycoplasmoses des ruminants ;
• analyse la qualité des données des plans de surveillance et plans de contrôle en sécurité sanitaire des aliments (Qualiplan) ;
• centralise, analyse, prépare et transmet annuellement les données relatives aux zoonoses (encéphalopathies spongiformes transmissibles, tuberculose, brucellose, salmonelles, rage, West Nile, échinococcose) et à l’antibiorésistance (sur E. coli, salmonelles, Campylobacter) à l’Autorité européenne de sécurité des aliments (Efsa), dans le cadre des plans de surveillance européens.

Le laboratoire de Lyon est par ailleurs impliqué dans les trois plateformes nationales d’épidémiosurveillance :

• la plateforme d’épidémiosurveillance en santé animale (ESA) ;
• la plateforme de surveillance de la chaîne alimentaire (SCA) ;
• la plateforme d’épidémiosurveillance en santé végétale (ESV).

Ces missions au sein de ces plateformes sont la coordination, l’appui transversal en épidémiologie, en informatique et en biostatistiques, ainsi qu’une participation à des groupes de travail et de suivi, et aux activités de veille sanitaire internationale.